Konstantna aktivnost ureda GS1 Croatia je unapređenje radne procedure i podizanje razine usluga članicama. U skladu s tim, početkom 2005. započet je projekt uvođenja norme ISO 9001:2000 u rad ureda GS1 Croatia. Za provođenje spomenutog projekta odabrana je radna skupina sa četiri djelatnika GS1 Croatia.
Prva aktivnost radne skupine bila je pohađanje seminara za interne auditore, koji je održan od 10. do 11. svibnja 2005. u Zagrebu, u organizaciji renomirane međunarodne certifikacijske kuće DET NORSKE VERITAS. Nakon uspješnog završetka seminara polaznici su dobili osnovna znanja o najvažnijim elementima sustava kvalitete prema međunarodnoj normi ISO 9001:2000 te stekli zvanje internog auditora, koje omogućuje aktivno sudjelovanje u uspostavi sustava kvalitete, kao i internu prosudbu sustava, koja je jedan od ključnih elemenata norme.
Nakon toga, u suradnji s konzultatskom kućom za pružanje savjetodavnih usluga vezanih uz uvođenje ISO norme FILIKON iz Zagreba, započele su intenzivne aktivnosti na razradi odgovarajuće dokumentacije te prilagodbi određenih radnih procesa zahtjevima norme ISO 9001:2000. Najzahtjevnija je bila izrada Priručnika kvalitete, najvažnijeg dokumenta vezanog za uvođenje ISO norme, kojim su dokumentirani svi procesi i aktivnosti unutar sustava upravljanja, procedure, pravilnici i drugi dokumenti. U Priručniku kvalitete su jasno utvrđeni opseg i slijed aktivnosti, pripadajuće odgovornosti, ovlasti i metode nadzora, što znači da kvaliteta njegove razrade jamči i ispravnu implementaciju ISO norme u poslovanje.
Uz rad na dokumentaciji, veliki trud radne skupine uložen je i na prilagodbu određenih poslovnih procedura koje dodatno olakšavaju i unapređuju radne aktivnosti Ureda.
Budući da je ured GS1 Croatia tijekom dugogodišnjeg djelovanja uspostavio kvalitetan sustav upravljanja, sukladan normi ISO 9001:2000, njezino uvođenje je proteklo bez ikakvih problema.
To je potvrđeno i certifikacijom 30. studenoga i 2. prosinca 2005., koju su proveli stručnjaci iz DET NORSKE VERITASA i ocijenili da je sustav kvalitete prema međunarodnoj normi ISO 9001:2000 uspješno uveden te je GS1 Croatia dobila Certifikat o usklađenosti sustava upravljanja kvalitetom.
Certifikacijom 24. studenoga 2009., u poslovanje GS1 Croatia implementirana je ISO 9001:2008 verzija norme.
Primjena ISO 9001:2008 norme članicama GS1 Croatia jamči da će svako pitanje upućeno Uredu biti obrađeno u najkraćem roku, prema striktno utvrđenoj proceduri, budući da je naglasak prilikom certifikacije stavljen na sljedeća dva područja:
Auditom 21. studenoga 2016. certifikacijska kuća DNV GL potvrdila je da je sustav upravljanja kvalitetom u GS1 Croatia usklađen s normom ISO 9001:2008. Audit je proveden prema planu, zaključci su prezentirani, raspravljeni i prihvaćeni na završnom sastanku te nisu uočene neskladnosti u sustavu.
Ured GS1 Croatia u studenom 2017. uspješno je odradio proces recertifikacije i prilagodbe novoj ISO 9001:2015 normi koja je usmjerenija na upravljanje rizicima i mogućnostima te uzima u obzir zahtjeve svih strana. Time norma dobiva novu stratešku orijentaciju i sustav upravljanja kvalitetom postaje alat za realizaciju strateških odluka i ispunjavanje misije organizacije. Audit je potvrdio da je sustav upravljanja GS1 Croatia u skladu s normom kvalitete ISO 9001:2015. Dana 6. studenoga 2018. uspješno je proveden godišnji audit za normu ISO 9001:2015 te nisu pronađene nikakve nesukladnosti.
U listopadu 2020. uspješno je završen još jedan proces recertifikacije po normi 9001:2015 te je certifikacijski kuća DNV GL potvrdila usklađenost rada GS1 Croatia ureda sa zahtjevima navedene norme.